Zona Pengolahan Sampah merupakan hasil kerjasama dengan Resource Recovery and Waste Utilization (RRWM) PIAT UGM yang diresmikan oleh Wakil Walikota Yogyakarta, Heroe Poerwadi, pada 20 Mei 2019. Zona ini terletak di sisi Barat Gedung Oval, tepatnya di Utara Perpustakaan Taman Pintar. Pengunjung dapat masuk ke zona ini secara gratis.
Dalam Zona Pengolahan Sampah terdapat empat lokasi dengan edukasi cara mengolah sampah organik yang berlainan yaitu dengan biopori, komposter komunal, cacing, dan lalat tentara hitam atau Black Soldier Fly (BSF). Zona ini dibangun sebagai lokasi pengolahan sampah organik milik Taman Pintar sekaligus wahana edukasi untuk pengunjung. Setiap metode pengolahan dilengkapi dengan papan informasi yang menjelaskan proses yang digunakan. Pengunjung diharapkan mampu memahami proses pengolahan sampah organik yang sederhana dan mudah dilakukan.